RNA – editing
La información contenida cambia a nivel del RNA. Es una forma muy rara de procesamiento transcripcional. Provoca un cambio en la información. Se sustituyen, añaden o eliminan nucleótidos. Las sustituciones se pueden dar en algunos genes de mamíferos, mientras que las adiciones o eliminaciones se suelen dar en genes de las mitocondrias de algunos protozoos.
Se han descrito 4 tipos de RNA editing en mamíferos. El gen de la apolipoproteína B es uno de estos casos. En el higado se da un producto de 4536 AA, mientras que en el intestino es de 2152 AA. Se sustituye un codón CAA, de ácido clutámico, por otro de stop, lo que determina que la proteína sea más corta. Este cambio está producido por una desaminasa. En mamíferos casi todos los tipos de RNA editing son sustituciones y sus responsables son las desaminasas. Parece ser que en el caso de la apolipoproteína B se produce una estructura secundaria, pero no se ha observado en otros casos. En protozoos suele haber más complejidad. Se suele tratar de inserciones o extensiones, generalmente de U. Estas inserciones se relizan con lo que se conoce como RNA guía, complementario en parte al mRNA, provocando que se inserten nuevas U, ya que en la guía hay algunas A desparejadas.
Determinación del sexo en Drosophila
Implica la interacción de una serie de genes. Cada uno de estos genes tendrá un splicing diferencial, cuyo producto influirá sobre el siguiente gen de la cascada génica, determinado así el sexo. Todo depende de la relación entre cromosomas sexuales y autosomas. El primer gen que se ve influido por este proceso es el gen sex – lethal, que posee 7 exones, pero en el 3 hay un codón de stop. En hembras se provoca un splicing alternativo que provoca que se elimine ese exón de la proteína final. Por lo tanto, en machos no hay proteína funcional, pero en hembras sí será funcional y influirá en el siguiente splicing. El siguiente gen del proceso es el transformer, donde podemos encontrar 4 exones, con un codón de stop en el segundo. Debido a la proteína Sxl, producida por el gen sex – lethal, se inhibe el splicing normal y se activa un splicing alternativo, en un lugar críptico, que eliminará el codón de stop. En hembras habrá una proteína resultante de este proceso, mientras que en machos la proteína no será funcional. El producto, Tra, influirá sobre el gen siguiente, el transformer 2, donde pasará aproximadamente como en el caso anterior. Estos 2 último productos influirá en la expresión del último gen, que es el doublesex, que posee 6 exones, con un codón stop en el cuarto. El Tra y el Tra2 son factores de splicing que provocan que el splicing en hembras se haga de manera normal, de manera que se pasará por el codón de stop del cuarto exón. En machos se eliminará el exón con el codón stop, con lo que la proteína será más larga. La proteína Dsx de las hembras elimina la expresión de los genes de los machos, mientras que las proteínas Dsx de los machos bloquean los genes de las hembras. La proteína Sxl impide que U2AF se una en el punto normal del intrón por lo que lo hace en el interior del exón, con lo que se provoca el splicing alternativo. Las proteínas Tra y Tra2 interaccionan con las proteínas SR. Sin estas proteínas se da un splicing que elimina el exón 4. En presencia de estas proteínas SR, el exón no es eliminado. El lugar donde se unen las proteínas Tra se conoce como splicing enhancer.
Splicing alternativo
No se ha de confundir el splicing alternativo con la maduración diferencial. La mayoría de los genes de clase II se transcriben dando lugar aun mRNA precursor que madurará para dar lugar a un mRNA maduro. Pero se ha visto que en ocasiones un mismo gen puede dar diferentes mRNA. Puede haber diferencias en los extremos 3’ o 5’, pero incluso puede haber diferentes tipos de splicing. Si se utilizan diferentes tipos de splicing hablaremos de splicing alternativo. Si se trata de diferentes modificaciones en los extremos 3’ o 5’, se trtará de maduración diferencial. Estos patrones de splicing se da solo en función de una expresión diferencial del gen, pero también es posible que los diferentes productos de un gen se expresen en una misma célula, al mismo tiempo, pero en diferente proporción. A nivel de splicing, puede ser posible que uno de los dos lugares de splicing sea fijo, mientras que elk otro puede ir variando. En algunos casos puede ser que al variar el splicing se modifique la secuencia de aminoácidos, provocando la aparición o no de un codón de stop, con lo que semodificaría el tamaño de la proteína. Se conocen muchos casos de genes con splicing alternativos, como el caso en SV40, con los diferentes antígenos T y t, donde dependiendo del splicing se pasará o no por un determinado codón de stop, de manera que la proteína será más o menos larga. Hay una parte que puede actuar como intrón o como exón. El RNA de t será más largo, pero será la proteína T la que tenga mçás aminoácidos, ya que en t hay un codón de stop. Este tipo de splicing tienen lugar en todas las células, variando la proporción de T y t. En células con alta proporción en t, de manera que se usaban los sitios de splicing más cercanos, se identificó un factor, el SF2, que se observó que favorecía la utilización de sitios de splicing más cercanos. La proteína del adenovirus E1A también pasa por procesos de splicing alternativo para dar lugar a tres proteínas diferentes.
