DOMINIOS DE UNIÓN A DNA
Podemos clasificar los factores de transcripción según sus dominios de unión al DNA. Zn fingers Consta de 23 AA, y de una región de conexión entre ellos de unos 7 u 8. En el centro de cada una de las estructuras podemos encontrar un átomo de Zn unido a dos AA de Cys y 2 de His. Cada una de estas estructuras se puede repetir una serie de veces, hasta 30. la primera proteína donde se descubrió esto fue en el TFII, que presenta 9 dedos. SP1 presenta 3. Gal 4 es un caso especial, ya que tiene 4 Cys unidas l átomo de Zn. La parte amino terminal de dedo forma una estructura en forma de lámina β, mientras que la parte carboxi terminal forma una hélice α, que es la que se une al DNA. Las proteínas que presentan dedos de Zn es muy probable que sean factores de transcripción. Hay otro tipo de proteínas, las receptoras de los esteroides, que forman un receptor en forma de dedos. Dos hélices α con 6 Cys, que cuando se unen a 2 Zn forman un dominio de unión al DNA. Helix – Turn – Helix (HTH) Fue la primera estructura de unión al DNA que se descubrió. Consta de dos hélices y una vuelta β, de 4 AA, de los que 1 siempre es lisina. Este giro permite orientar la cadena hacia el DNA. Se identificó este dominio en la proteína Cro de λ y en el represor de lac. En eucariotas forma parte del homodímero de proteínas homeoticas. La longitud de este dominio suele ser de unos 20 AA. Helix – Loop – Helix (HLH) Se unirá al DNA de forma dimérica. Consta de 30 a 40 AA. Está formado a partir de AA anfipáticos, por lo que podrá formar dímeros. Una vez se ha formado el dímero, unos cuantos aminoácidos básicos contactan con el DNA. Si mutase la región de AA básicos, no se podría dar la unión al DNA, así como si mutase la zona de dimerización, de manera que no se formase el dímero. Este sistema se ha visto en la proteína myo D. Leucine zipper Es un sistema bastante abundante, localizado principalmente en procariotas. Forma dímeros, que s eunen formando una hélice anfipática. Como antes, la leucina no será la encargada de unirse al DNA, sino que la unión al ácido nucleico será producida a través de AA básicos. Existe otro tipo, donde la unión al DNA no se produce a partir de una hélice α, sino que se produce a partir de una lámina β, por lo que la unión al DNA se produce mediante un sistema Ribbon – Helix – Helix. La TBP no contacta de ninguna de estas maneras. La mayoría de proteínas se unen al DNA en el surco mayor. La mayoría son específicas de secuencias concretas del DNA. Reconocen las secuencias mediante el reconocimiento de las bases, de la secuencia de puentes de H,… Se observó que la secuencia de AA de Gal 4 tenía grupos ricos en AA ácidos, como la Gln o la Pro. Las interacciones de los dominios activadores pueden ser de dos tipos, indirectas o directas. En el caso de las directas, la proteína se une a la secuencia, y después se establece el contacto con los factores de transcripción basales. Se observó, no obstante, que existían también proteína adaptadoras, que hacían de unión entre el factor de transcripción y la maquinaria basal, lo que se conoce como interacción indirecta. Una de las primeras que se descubrió fue VP16, que tenía un dominio activador fuerte, pero ningún dominio de unión al DNA. Se han encontrado proteínas de este tipo en muchos organismos. Se conocen como proteínas adaptadoras o coactivadores.
