Terminación de la trancripción
No existe una secuencia consenso a partir de la cual se detenga la transcripción, sino que la terminación de la transcripción se da gracias a secuencias ya transcritas de RNA. Se trata de regiones ricas en G y C, con lo que la polimerasa irá más lenta. Además, en esas regiones, las bases etán colocadas de manera que al irse transcribiendo se de complementariedad en el RNA y se formen bucles o “hairpins”. En E.coli se conocen 2 tipos de terminación de la transcripción. Intrínsecas o independientes de rho Este tipo de terminación depende solo de la secuencia. Se trata de regiones ricas en G y C, con simetrías para que se formen los hairpins cerca del final del gen, a unos 20 nucleótidos. Además encontramos una tira de A en la cadena molde, de entre 6 y 8 bases, justo después de la formación de los hairpins. La presencia de los hairpins provoca una ralentización de la polimerasa, que no será suficiente para terminar la transcripción. La cadena de A provoca que la polimerasa se pueda liberar, ya que es un fragmento muy débil. Dependientes de rho Su estructura no está tan bien definida como en el caso anterior. Se cree que existen regiones que permiten la formación de los bucles, pero que en este caso no existe la tira de A al final. Para terminar la transcripción necesita la colaboración de la proteína rho. Rho es una proteína con función ATPasa. Rho se una al RNA en una relación de 1 a 1. Se cree que rho se va deslizando por la cadena de RNA que está sintetizando la polimerasa, hasta que la alcanza, ya que está frenada en los bucles. La proteína es un hexámero que necesita unos 50 nucleótidos para poderse unir al RNA. Puesto que en bacterias la síntesis de proteínas se da de manera simultánea a la transcripción, la proteína rho no se podrá unir hasta que se haya sobrepasado el codón de terminación, mientras que la transcripción continuará más allá. En E.coli existe un factor que se puede unir a la polimerasa, siempre y cuando no este σ. Este factor se conoc como NusA podría provocar que la polimerasa se frenase al llegar al bucle del final.
