RNA – editing
La información contenida cambia a nivel del RNA. Es una forma muy rara de procesamiento transcripcional. Provoca un cambio en la información. Se sustituyen, añaden o eliminan nucleótidos. Las sustituciones se pueden dar en algunos genes de mamíferos, mientras que las adiciones o eliminaciones se suelen dar en genes de las mitocondrias de algunos protozoos.
Se han descrito 4 tipos de RNA editing en mamíferos. El gen de la apolipoproteína B es uno de estos casos. En el higado se da un producto de 4536 AA, mientras que en el intestino es de 2152 AA. Se sustituye un codón CAA, de ácido clutámico, por otro de stop, lo que determina que la proteína sea más corta. Este cambio está producido por una desaminasa. En mamíferos casi todos los tipos de RNA editing son sustituciones y sus responsables son las desaminasas. Parece ser que en el caso de la apolipoproteína B se produce una estructura secundaria, pero no se ha observado en otros casos. En protozoos suele haber más complejidad. Se suele tratar de inserciones o extensiones, generalmente de U. Estas inserciones se relizan con lo que se conoce como RNA guía, complementario en parte al mRNA, provocando que se inserten nuevas U, ya que en la guía hay algunas A desparejadas.
Genes de clase III
Son reconocidos por la polimerasa III. Sus productos son muy heterogéneos, como tRNAs, rRNA 5s, smRNA como U6, o AluRNA. Podemos diferenciarlos según su procesamiento. Todos los RNA con excepción de los tRNAs no tienen procesamiento. El gen del rRNA 5s se sintetiza a partir de genes repetidos. Todos tienen estructuras muy conservadas. tRNAs Constituye el 15% del RNA total de las células eucariotas. Constan de entre 70 y 80 nucleótidos, pero deberán pasar por un procesamiento, donde podrán perder algunos nucleótidos de los extremos y donde se le añadirá en el extremo 3’ el CCA, donde se unirá el AA. Un elevado porcentaje de bases de estos RNAs son bases modificadas. En muchos casos existe un intrón central en el RNA. Promotores de los genes de clase III Existen 2 tipos de promotores en estos genes, los promotores internos y los promotores no internos. Encontramos promotores internos en los tRNA y en el rRNA 5s. Los promotores no internos se dan en el resto de los genes de esta clase. Se descubrieron cuando se observó que se podía eliminar toda la parte anterior a +1 en un gen, sin que la transcripción de este se viese afectada. Los genes que tienen promotores no internos tienen promotores similares a los de la clase II, tienen incluso caja TATA. Hacen falta los TFIIIA, TFIIIB, y TFIIIC para transcribir el 5s, mientras que solo C para los de transferencia. De nuevo, TFIIIB está formado por TBP y otros factores. En el caso del rRNA 5s se une en primer lugar TFIIA, después TFIIIC y finalmente TFIIIB, al que se unirá la polimerasa. Parece ser que al unirse la polimerasa e iniciarse la transcripción, se desprenderán los factores, con excepción de TFIIIB. La proteína TFIIIA es una proteína con dominio de unión al DNA por dedos de Zn. En el caso de la transcripción de los tRNA no es necesario el factor TFIIIA, sino que solo TFIIIC y TFIIIB podrán transcribir ya. Parece ser que la polimerasa se detendrá al llegar a una determinada región, rica en TA, entre zonas de GC.
Proteína Cro
Pesa 9 KDa y tiene unos 60 AA. Se trata de un dímero, pero con solo un dominio. Tiene más afinidad por el sitio 3, tanto de OR como de OL, unas 10 veces más que por los otros dos sitios. Se une a 1 y 2 sin cooperatividad. Si cro solo está en 3, se podrá transcribir desde los PR y PL, y se impedirá la transcripción desde PM, con lo que se producirá la lisis y se acabará la lisogenia. Si cro está en 1, 2 y 3, enonces no habrá síntesis desde ningún promotor. Con la radiación ultravioleta, se activarán los genes SOS, debido a la activación de RecA, que inactivará Lex A. Rec A también rompe los conectores de CI, induciendo la lisis. El dominio de unión al DNA en muchas proteínas está formado por hélices α, que en algunos casos pueden ser las que contacten directamente con el DNA. En CI tenemos 5 hélices. La 3 es la encargada de unirse al DNA, mientras que la 2 es la que posiciona la 3 correctamente, y las demás no intervienen. La unión es por puentes de H entre AA y nucleótidos. Se formarán 3 contactos entre la proteína y el DNA: Glu – A; Ser – G y Ala – G. Este es el caso de OR1, donde los dos primeros son más frecuentes. En OR3 solo se establecerán 2 puentes de hidrógeno, debido a una menor afinidad. La proteína Cro se une al DNA de manera similar. Establece 4 uniones con OR3: Glu – A; Ser – G; Asn –A y Lys – G. Las uniones más frecuentes son también las dos primeras. En OR1 solo podrá establecer 2 puentes de H.
