Transcripción en eucariotas
El DNA está a partir de ahora distribuido en diversos cromosomas. No habrá operones, por lo que no habrá RNA policistrónico, excepto en el caso de los RNA ribosómicos. Entre los diferentes genes encontraremos fragmentos de DNA no codificador. El DNA codificador solo es el 3% del total. En genomas más complejos encontraremos más genes y diferentes combinaciones de genes. Por otro lado, en eucariotas podemos encontrar ya genes con intrones. En Saccharomyces solo hay algunos genes con intrones, mientras que en Drosophila, hay alguno genes todavía no tienen intrones. En humanos se cree que solo los genes de las histonas no tienen intrones. Además, la membrana nuclear separa la transcripción y la traducción en el espacio y el tiempo. Podemos encontrar 3 RNA polimerasas nucleares, a las que hay que añadir las que podemos encontrar en cloroplastos y mitocondrias.
Iniciación de la transcripción
El primer nucleótido puede ser cualquier purina, aunque normalmente se trata de A, en más del 50% de los casos. El inicio de la transcripción es una iniciación abortiva, en la cual la RNA polimerasa sintetiza un oligonucleótido de entre 2 y 9 bases. Después deja ir a este nucleótido e inicia la síntesis de nuevo. Este proceso se repite unas cuantas veces, momento en que se dice que la RNA polimerasa está en forma de iniciación. La subunidad σ sigue unida todavía al RNA en esta fase, hasta que consiga alcanzar la siguiente fase. Es en esta fase cuando la RNA polimerasa puede ser inhibida por la rifampicina. La fase se conoce como promotor clearance o despeje del promotor. Esta fase implica una limitación de velocidad, el tiempo que tarda en superar esta fase. Los promotores fuertes tardan menos tiempo. Pasado un cierto tiempo, se consigue superar esta fase y se entra en la siguiente fase, mucho más estable.
