Splicing alternativo
No se ha de confundir el splicing alternativo con la maduración diferencial. La mayoría de los genes de clase II se transcriben dando lugar aun mRNA precursor que madurará para dar lugar a un mRNA maduro. Pero se ha visto que en ocasiones un mismo gen puede dar diferentes mRNA. Puede haber diferencias en los extremos 3’ o 5’, pero incluso puede haber diferentes tipos de splicing. Si se utilizan diferentes tipos de splicing hablaremos de splicing alternativo. Si se trata de diferentes modificaciones en los extremos 3’ o 5’, se trtará de maduración diferencial. Estos patrones de splicing se da solo en función de una expresión diferencial del gen, pero también es posible que los diferentes productos de un gen se expresen en una misma célula, al mismo tiempo, pero en diferente proporción. A nivel de splicing, puede ser posible que uno de los dos lugares de splicing sea fijo, mientras que elk otro puede ir variando. En algunos casos puede ser que al variar el splicing se modifique la secuencia de aminoácidos, provocando la aparición o no de un codón de stop, con lo que semodificaría el tamaño de la proteína. Se conocen muchos casos de genes con splicing alternativos, como el caso en SV40, con los diferentes antígenos T y t, donde dependiendo del splicing se pasará o no por un determinado codón de stop, de manera que la proteína será más o menos larga. Hay una parte que puede actuar como intrón o como exón. El RNA de t será más largo, pero será la proteína T la que tenga mçás aminoácidos, ya que en t hay un codón de stop. Este tipo de splicing tienen lugar en todas las células, variando la proporción de T y t. En células con alta proporción en t, de manera que se usaban los sitios de splicing más cercanos, se identificó un factor, el SF2, que se observó que favorecía la utilización de sitios de splicing más cercanos. La proteína del adenovirus E1A también pasa por procesos de splicing alternativo para dar lugar a tres proteínas diferentes.
Proteína CI
Es un dímero con dos dominios N terminales que contactarán con el operador. Los extremos C terminales serán los encargados de formar el dímero. Cada una de las subunidades pesa 27 KDa y tiene unos 236 AA. Cuando se degrada se rompe a nivel del puente conector de los dos dominios, por lo que no podrá actuar como represor. Si cro está en OR/L 1, se unirá tambien a 2, con lo que podrá haber síntesis desde PR/L. SI hay CI en OR2, entonces habrá transcripción desde PM, pero si se une CI a OR3, entonces ese promotor tampoco podrá ser usado para la síntesis.
REGULACIÓN DEL CICLO DEL FAGO λ
En los años 50, A. Lwoff, observó que cepas de E.coli sometidas a UV, después de 90’, dejaban de crecer y lisaban, liberando fagos λ. Si estos fagos λ infectaban otras cepas de E.coli, algunas lisaban, mientras que otras seguían creciendo, a no ser que se las sometiese a radiación UV, cuando lisaban y liberaban fagos. Este ciclo debía estar regulado a nivel de transcripción. Fue estudiado por Jacob y Monod, que ganaron el Nobel. Fago λ Tiene DNA de cadena doble, lineal, pero tiene extremos cohesivos cos, que al entrar en las células bacterianas se circularizan. El DNA tiene unas 48,5 Kb, aproximadamente unos 40 genes. Muchos de estos genes están organizados en forma de operones, en muchos casos. Diferenciaríamos entre genes tempranos y tardíos. Dentro de los tempranos distinguiríamos entre inmediatos y retardados. Cuando el fago entra en una bacteria, siempre se inicia una la síntesis de los genes tempranos. Si se expresan los genes tardíos, se entrará en fase lítica. Genes tempranos inmediatos Gen N: Codifica una proteína, N, que es un factor antiterminador, que provoca la expresión de los genes tempranos retardados. Gen cro: Impide la síntesis del represor. Acaba la expresión de los genes inmediatos tempranos cuando ya no se necesitan. Genes tempranos retardados
Genes de recombinación Genes de replicación Genes de regulación: cII, cIII y Q cII y cIII son necesarios para iniciar la transcripción del gen cI Q codifica la proteína Q, que es un factor antiterminador que permite la transcripción de los genes tardíos Una vez se ha sintetizado la proteína N, ésta proteína impide que la polimerasa se detenga en el terminador, permitiendo que se transcriban los genes que hay al otro lado. Permiten saltarse los terminadores. Los genes tardíos se sintetizan a partir de un promotor, el PR’. Es constitutivo, pero tiene un terminador TR’ situado. Si no hay proteína Q, no se podrá superar el terminador. Por lo tanto, es la proteína Q la que permite sintetizar los genes tardíos. La lísis está ligada a la antiterminación. Se necesita que los genes tempranos inmediatos esten adyacentes a los retardados, solo separados por lo terminadores. Estos procesos de antiterminación se pueden dar en muchos fagos, pero se descubrieron en λ. Se conocen como genes adyacentes aquellos genes separados únicamente por los terminadores. El lugar de reconocimiento es diferente del lugar de actuación. Son básicas para este proceso las cajas nut. La proteína N actuará en la caja nut, permitiendo así a las polimerasas sobrepasar los terminadores. Conocemos dos cajas nut, la nutL y la nutR, en función de si permiten sobrepasar el terminador TL o TR1. Estas cajas nut son las que permiten pasar de los genes inmediatos tempranos a los retardados. Cuando la polimerasa pasa por la caja nut, la proteína N se le une, permitiendo así que supere los terminadores. La caja qut desempeña una función idéntica en la antiterminación para pasar a los genes tardíos. Además de la proteína N harán falta otros factores, que serán los factores Nus, como Nus A, Nus B – S10 o Nus G. Sin estos factores no habrá antiterminación. En principio Nus A sería un factor terminador, pero a partir de N se organiza un complejo proteico necesario para que la polimerasa no se detenga en los terminadores.
