Estructura de la IGS
Se trata de una estructura que depende de la especie, pero cuya estructura es bastante general. Dentro de la IGS está el promotor, main promoter, con la estructura ya descrita. Secuencias similares a esta pueden estar repartidas por todo la IGS, siendo los promotores de la IGS. Se van sintetizando gracias a esto pequeñas cadenas de RNA que se irán acumulando, permitiendo así una mejor síntesis del rRNA cuando llegue el momento. El RNA finaliza antes de entrar en el IGS, porque justo en la entrada hay unas secuencias terminadoras, ocho. Se trata de un bloque de 17 / 18 pb, repetidos 8 veces. Estas repeticiones pueden ser reconocidas por algún factor que permitirá el fin de la transcripción. Este es el ejemplo descrito, pero puede estar sujeto a variaciones según la especie. La función d elos promotores de las IGS no acaba de estar clara. En Xenopus no existen las secuencias de terminación, sino que hay una región que permite la liberación de la polimerasa, aunque parece ser que es posible que solo se libere el RNA. Antes del promotor principal habría una terminación.
TIPOS DE GENES
Genes de clase I Codifican el rRNA 28s, 18s y el 5,8s, pero nunca el 5s. Debido a las necesidades de la célula de un elevado número de ribosomas, los genes que codifican para todos estos componentes de los ribosomas están repetidos varias veces, estando agrupados los 3 en unidades de transcripción. Estas unidades de transcripción se repiten entre 40 y 50 veces en los brazos cortos de los cromosomas acrocéntricos. En ocasiones a este DNA se le ha llamado rDNA. Estos genes están agrupados en los nucleolos. Es totalmente lógico pensar que los genes deben estar agrupados, facilitando así su coordinación, pero en ese caso la pregunta obvia es porque el 5s está en otra parte del núcleo, codificado incluso por otra polimerasa.
Las diferentes unidades de transcripción están separadas por lo que se conoce actualmente como IGS, Inter Gene Spacing. Antes se le llamaba NTS, Non Transcrival Sequence. La unidad de transcripción puede medir de 8 a 14 Kb, dependiendo del organismo. El IGS puede llegar hasta las 30 Kb. Dentro de una misma especie se mantiene estable. Dentro de una unidad de transcripción también hay secuencias de espaciado entre los genes, que se conocen como ETS y ITS. La unidad de transcripción da lugar a un único transcrito de 45 s, que deberá pasar por una serie de modificaciones para dar lugar al rRNA, pasando por lo tanto por un proceso de maduración. Se incorporarán una serie de grupos metilo y se cortará el RNA. Se desconoce si la metilación es un proceso cotratranscripcional o bien si es posterior. Los cortes se producirán en 5’ del 18s y en 5’ del 5,8s. Quedará por lo tanto una unidad de 20s que por un proceso de maduración pasará a ser de 18s y otra unidad que contendrá el 28s y el 5,8s. Estos dos fragmentos se unirán por complementariedad y se cortará la cadena que los une. Es posible que todavía falte algún tipo de degradación de los extremos de este fragmento para llegar a la situación definitiva, pero se desconoce. Se desconocen también los enzimas que intervienen en el proceso.
