Genes de clase II
Serán transcritos por la polimerasa de tipo II. Son genes que darán lugar a mRNA y por tanto proteínas, o bien genes que darán lugar a los smRNA, que formarán los uRNAs, que forman para de las smRNP, ribonucleoproteínas pequeñas, con excepción del U6. Después de ser transcritos pasarán por procesos de maduración para dar lugar al producto final. Todos sufrirán modificaciones en el extremo 5’. En los mRNA se producirá un capping con la metilguanosina, mientras que en las uRNAs el capping se dará con la 2,2,7 trimetilguanosina. La cola de poliA en el extremo 3’ se añadirá solo en los mRNA, que además pasará por un proceso de eliminación de intrones, el splicing. Los uRNA no pasarán por ninguno de los dos procesos. El capping en 5’ se da siempre, no así los otros dos procesos.
Proteína Cro
Pesa 9 KDa y tiene unos 60 AA. Se trata de un dímero, pero con solo un dominio. Tiene más afinidad por el sitio 3, tanto de OR como de OL, unas 10 veces más que por los otros dos sitios. Se une a 1 y 2 sin cooperatividad. Si cro solo está en 3, se podrá transcribir desde los PR y PL, y se impedirá la transcripción desde PM, con lo que se producirá la lisis y se acabará la lisogenia. Si cro está en 1, 2 y 3, enonces no habrá síntesis desde ningún promotor. Con la radiación ultravioleta, se activarán los genes SOS, debido a la activación de RecA, que inactivará Lex A. Rec A también rompe los conectores de CI, induciendo la lisis. El dominio de unión al DNA en muchas proteínas está formado por hélices α, que en algunos casos pueden ser las que contacten directamente con el DNA. En CI tenemos 5 hélices. La 3 es la encargada de unirse al DNA, mientras que la 2 es la que posiciona la 3 correctamente, y las demás no intervienen. La unión es por puentes de H entre AA y nucleótidos. Se formarán 3 contactos entre la proteína y el DNA: Glu – A; Ser – G y Ala – G. Este es el caso de OR1, donde los dos primeros son más frecuentes. En OR3 solo se establecerán 2 puentes de hidrógeno, debido a una menor afinidad. La proteína Cro se une al DNA de manera similar. Establece 4 uniones con OR3: Glu – A; Ser – G; Asn –A y Lys – G. Las uniones más frecuentes son también las dos primeras. En OR1 solo podrá establecer 2 puentes de H.
