Lisis
Si hay mucha Xis y poca Int, se entrará en fase de lisis. Esto podrá estar ocasionado por niveles bajos de CII, con lo que la transcripción desde Pint será baja y la mayor parte de la transcripción se hará a partir del PL. En este caso deberíamos tener igual cantidad de Xis que de Int. Pero después de transcribir int, existe la secuencia sib, que también se transcribe. Esta secuencia formará un bucle que atraerá la RNAasa III, con lo que se degradará. Se degradará también en parte int, pero el daño al RNA no llegará a xis, con lo que se podrá transcribir la proteína Xis. Este tipo de regulación se llama retroregulación. No se trata de regulación a nivel de transcripción, sino que afecta a la estabilidad del transcrito.
Establecimiento de la lisogenia
Necesitará altos índices de Int, cuyo promotor está en xis. CII actuará como activador, pero también puede haber síntesis a partir del promotor PL. Será necesario, no obstante, CII para que se transcriba desde el promotor de int, lo que impedirá la transcripción de xis, con lo que entraremos en lisogenia. Existirá, además, transcripción de xis desde PL, pero los niveles de Int serán más altos que los de Xis, por lo que se realizará la fase lisogénica. El promotor de Int tiene un terminador que finaliza la síntesis justo después de int, pero en el caso de PL, no se acaba en ese punto, sino que se transcribirá xis, ya que estará presente la proteína N, que se unirá a la polimerasa en la caja nut. Si se comienza a nivel del promotor de Pint, no se pasará por la caja nut y no se sobrepasará el terminador.
Proteína Cro
Pesa 9 KDa y tiene unos 60 AA. Se trata de un dímero, pero con solo un dominio. Tiene más afinidad por el sitio 3, tanto de OR como de OL, unas 10 veces más que por los otros dos sitios. Se une a 1 y 2 sin cooperatividad. Si cro solo está en 3, se podrá transcribir desde los PR y PL, y se impedirá la transcripción desde PM, con lo que se producirá la lisis y se acabará la lisogenia. Si cro está en 1, 2 y 3, enonces no habrá síntesis desde ningún promotor. Con la radiación ultravioleta, se activarán los genes SOS, debido a la activación de RecA, que inactivará Lex A. Rec A también rompe los conectores de CI, induciendo la lisis. El dominio de unión al DNA en muchas proteínas está formado por hélices α, que en algunos casos pueden ser las que contacten directamente con el DNA. En CI tenemos 5 hélices. La 3 es la encargada de unirse al DNA, mientras que la 2 es la que posiciona la 3 correctamente, y las demás no intervienen. La unión es por puentes de H entre AA y nucleótidos. Se formarán 3 contactos entre la proteína y el DNA: Glu – A; Ser – G y Ala – G. Este es el caso de OR1, donde los dos primeros son más frecuentes. En OR3 solo se establecerán 2 puentes de hidrógeno, debido a una menor afinidad. La proteína Cro se une al DNA de manera similar. Establece 4 uniones con OR3: Glu – A; Ser – G; Asn –A y Lys – G. Las uniones más frecuentes son también las dos primeras. En OR1 solo podrá establecer 2 puentes de H.
