Fase de elongación
El factor σ se libera y el core del enzima continua la síntesis por su cuenta. Se forma en esta fase loq ue se conoce como burbuja de transcripción, que abarca unos 17 nucleótidos. El Rna permanece unido al Dna unos 12 nucleótidos. Las zonas ricas en A y T se sintetizan de manera más rápida, mientras que las ricas en G y C serán más lentas, siendo conocidas como zonas de pausa. La velocidad de elongación puede ser de entre 30 y 6 nucleótidos por segundo, pero en las zonas de pausa puede llegar a 0,1 nucleótido por segundo. En la etapa de elongación, la RNA polimerasa cubre unos 60 pb. Cuando el RNA tiene unos 15 nucleótidos, el enzima se compacta y pasa a cubrir solo 35 pb. El enzima va avanzando a trompicones, ya que la elongación avanza, pero el frente del enzima no avanza paulatinamente, sino que lo hará de golpe. La elongación implica por lo tanto un proceso de contracción y elongación del enzima.
Reconocimiento del promotor
Se cree que la RNA polimerasa está unida al DNA y se va deslizando por encima de él, hasta encontrar un promotor. Se considera probable que el enzima tenga la capacidad de reconocer las estructuras de los puentes de hidrógeno de las cajas de –10 y –35. La RNA polimerasa se coloca principalmente sobre una de las dos cadenas que componen el DNA. El DNA, cuando la RNA polimerasa reconozca al promotor, deberá pasar de un complejo cerrado, con las dos cadenas unidas, a uno abierto, con las cadenas separadas, para poder realizar la transcripción. La región de DNA cuyas dos cadenas se separan va de –9 a +20. Esta es la primera función de la RNA polimerasa, separar las dos cadenas. El enzima completo cubre desde la posición –55 a la +20. Se cree que la secuencia de –35 es la de reconocmiento por el enzima, mientras que la de –10 es la que indica el punto donde se deberían separar las dos cadenas. Se trata de una región rica en T y A, por lo que será más fácil de separar. Además se forma una pequeña curva en el DNA, donde se transcribe, que es básica para el inicio de la transcripción.
RNA polimerasa (E.coli)
La RNA de E.coli tiene una serie de características que son comunes a las demás polimerasas, pero también tiene características específicas de la RNA polimerasa bacteriana. Algunas características de la RNA polimerasa son:Está formada por diversas subunidades.Su función es la de sintetizar RNA a partir de NTP, por lo que necesitarán un DNA molde.La síntesis de RNA se produce en dirección 3’ – 5’. No necesita primer. El enzima entero, el holoenzima, consta de 5 subunidades, distribuidas así: (α2ββ’)σ. Podemos diferenciar dos partes en el enzima, el núcleo o core y la subunidad σ. Si bien el core tiene la capacidad de sintetizar nuevo RNA, sólo el enzima entero sería capaz de realizar correctamente la transcripción, ya que la subunidad σ es básica para el reconocimiento del punto de inicio, ya que sin ella, la transcripción empezaría en cualquier punto. UnidadGen Peso α RpoA40 KDa β RpoB155 KDa β’ RpoC160 KDa σ rpoD 32 – 90 KDaEl conjunto de toda la RNA polimerasa pesa unos 455 KDa. La función de α es la de mantener unido el enzima y la de permitir la unión de otras proteínas reguladoras. β y β’ forman el centro catalítico, que sintetiza el RNA. Existen antibióticos que pueden actuar a nivel de estas proteínas, como la rifampicina. Estas dos subunidades tienen unidos dos átomos de Zn. σ es la parte que es capaz de reconocer específicamente y de manera estable el promotor. Su función es la de aumentar las probailidades de que se una donde debe. Una vez se ha iniciado la transcripción, σ se desprende y continúa el core la transcripción. La transcripción consta de 4 partes.
