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Promotores de los genes de clase II

Published on Marzo 30, 2008 in Genética molecular. 0 Comments

Promotores de los genes de clase II

La RNA polimerasa II no puede iniciar la transcripción ella sola. Necesita factores de transcripción. El conjunto conformará lo que se ha llamado aparato de transcripción. Dentro del promotor habrá una serie de zonas más conservadas que otras. Promotor genérico Veremos ahora lo mínimo que se necesita para iniciar la transcripción. Los factores que necesita la polimerasa para iniciar la transcripción son los factores basales o iniciales, conocidos como TFI, TFII,…, de transcription factor. Un promotor genérico funcionará a una frecuencia más baja que otros promotores. Se necesitarán otras secuencias, reconocidas por otros factores para alcanzar una tasa de transcripción más eficaz. Algunas posibilidades de promotores son Pyr2CAPyr5, o bien PyrCAPyr2. Estas son dos secuencias iniciadoras, donde Pyr quiere decir pirimidina y Pur, purina. Esta es la forma más simple que puede ser reconocida por la RNA polimerasa. En muchos casos encontraremos también la TATA box, situada en –25. Es el único elemento regulador que tiene una posición fija. Se trata de una secuencia consenso, bastante estable. Es similar a la Pribnow box, determinando donde empieza la transcripción. Se han localizado una serie de genes que parece ser que carecen de la caja TATA. Cada día se conocen más de estos genes. Se les conoce como genes “House Keeping”. Estos genes se expresan en todas las células y entre ellos podemos encontrar algunos componentes del ciclo de Krebs. La iniciación de la transcripción requerirá la correcta asociación de los factores de transcripción, en un orden determinado. El primer factor que se unirá será TFIID, compuesto por: • TBP: TATA binding protein. Se une a la caja TATA. Se trata de una proteína pequeña, que desempeña un papel posicionador. • TAFs: TBP additional factors. El siguiente factor que se unirá será TIFA, al que seguirá el TFIIB. A continuación vendrá TFIIF, compuesto por 2 subunidades, la grande, que parece ser que es la que posee actividad helicasa, ya que parece ser que se romperá la cadena para poder iniciar la transcripción; y la pequeña que se une a la RNA polimerasa II. Llegados a este punto es cuando la polimerasa establece el contacto TFIID intecaccionará con el dominio C terminal de la polimerasa II, a la ve que parece ser que TFIIB también contacta. Hasta este punto, se ha estado preparando para transcribir, pero todavía hacen falta más factores para iniciar la transcripción. Se unirán todavía TFIIE y TFIIS, y por último TFIIH, que parece presentar 3 funciones diferentes: helicasa, quinasa, fosforilando el dominio CTD de la polimerasa, y parece estar involucrado en la reparación. Al fosforilar TFIIH el dominio CTD, se desprenderán la mayoría de los factores, y solo quedará unido el TFIIH, momento en que la polimerasa empieza a transcribir. El TFIIS es un gen que evita la terminación prematura, es un factor de elongación. En los genes sin caja TATA se requieren los mismos factores que los vistos hasta ahora, incluso TFIID. Existen teorías que afirman que TFIID puede reconocer el inicio de la transcripción, mientras que otras teorías afirman que hay algún factor que reconoce el inicio y es, a su vez, reconocido por TFIID.

Promotores de los genes de clase I

Published on Marzo 30, 2008 in Genética molecular. 0 Comments

Promotores de los genes de clase I

Serán promotores reconocidos por la RNA polimerasa I. Se trata de secuencias consenso muy caracterizadas en humanos. Existen 2 regiones involucradas en el proceso de transcripción: • core promoter. Va de –45 a –20. Es una secuencia rica en G y C. • Elemento de control upstream (UCE), situado hacua 5’ Si solo está el core promoter, se podrá realizar la síntesis, pero si está presente el UCE, la síntesis será mejor. La composición de bases del UCE es similar a la del core promoter. Para poder funcionar, la polimerasa requerirá una serie de factores: • UBF1: se une a la región del core y a UBF1, que también se une al UCE. Normalmente actúa como un dímero • SL1: Este factor está formado a partir de 4 monómeros. Requiere a UBF1 para funcionar. Una de las unidades que lo componen es TBP. TBP interviene junto con las otras polimerasas en los procesos de transcripción. La polimerasa contacta con SL1 a través de TBP. Actúa como un posicionador de la polimerasa, permitiendo el correcto posicionamiento de esta antes de iniciar la transcripción.

Terminación de la trancripción

Published on Marzo 30, 2008 in Genética molecular. 0 Comments

Terminación de la trancripción

No existe una secuencia consenso a partir de la cual se detenga la transcripción, sino que la terminación de la transcripción se da gracias a secuencias ya transcritas de RNA. Se trata de regiones ricas en G y C, con lo que la polimerasa irá más lenta. Además, en esas regiones, las bases etán colocadas de manera que al irse transcribiendo se de complementariedad en el RNA y se formen bucles o “hairpins”. En E.coli se conocen 2 tipos de terminación de la transcripción. Intrínsecas o independientes de rho Este tipo de terminación depende solo de la secuencia. Se trata de regiones ricas en G y C, con simetrías para que se formen los hairpins cerca del final del gen, a unos 20 nucleótidos. Además encontramos una tira de A en la cadena molde, de entre 6 y 8 bases, justo después de la formación de los hairpins. La presencia de los hairpins provoca una ralentización de la polimerasa, que no será suficiente para terminar la transcripción. La cadena de A provoca que la polimerasa se pueda liberar, ya que es un fragmento muy débil. Dependientes de rho Su estructura no está tan bien definida como en el caso anterior. Se cree que existen regiones que permiten la formación de los bucles, pero que en este caso no existe la tira de A al final. Para terminar la transcripción necesita la colaboración de la proteína rho. Rho es una proteína con función ATPasa. Rho se una al RNA en una relación de 1 a 1. Se cree que rho se va deslizando por la cadena de RNA que está sintetizando la polimerasa, hasta que la alcanza, ya que está frenada en los bucles. La proteína es un hexámero que necesita unos 50 nucleótidos para poderse unir al RNA. Puesto que en bacterias la síntesis de proteínas se da de manera simultánea a la transcripción, la proteína rho no se podrá unir hasta que se haya sobrepasado el codón de terminación, mientras que la transcripción continuará más allá. En E.coli existe un factor que se puede unir a la polimerasa, siempre y cuando no este σ. Este factor se conoc como NusA podría provocar que la polimerasa se frenase al llegar al bucle del final.