Promotores de los genes de clase II
La RNA polimerasa II no puede iniciar la transcripción ella sola. Necesita factores de transcripción. El conjunto conformará lo que se ha llamado aparato de transcripción. Dentro del promotor habrá una serie de zonas más conservadas que otras. Promotor genérico Veremos ahora lo mínimo que se necesita para iniciar la transcripción. Los factores que necesita la polimerasa para iniciar la transcripción son los factores basales o iniciales, conocidos como TFI, TFII,…, de transcription factor. Un promotor genérico funcionará a una frecuencia más baja que otros promotores. Se necesitarán otras secuencias, reconocidas por otros factores para alcanzar una tasa de transcripción más eficaz. Algunas posibilidades de promotores son Pyr2CAPyr5, o bien PyrCAPyr2. Estas son dos secuencias iniciadoras, donde Pyr quiere decir pirimidina y Pur, purina. Esta es la forma más simple que puede ser reconocida por la RNA polimerasa. En muchos casos encontraremos también la TATA box, situada en –25. Es el único elemento regulador que tiene una posición fija. Se trata de una secuencia consenso, bastante estable. Es similar a la Pribnow box, determinando donde empieza la transcripción. Se han localizado una serie de genes que parece ser que carecen de la caja TATA. Cada día se conocen más de estos genes. Se les conoce como genes “House Keeping”. Estos genes se expresan en todas las células y entre ellos podemos encontrar algunos componentes del ciclo de Krebs. La iniciación de la transcripción requerirá la correcta asociación de los factores de transcripción, en un orden determinado. El primer factor que se unirá será TFIID, compuesto por: • TBP: TATA binding protein. Se une a la caja TATA. Se trata de una proteína pequeña, que desempeña un papel posicionador. • TAFs: TBP additional factors. El siguiente factor que se unirá será TIFA, al que seguirá el TFIIB. A continuación vendrá TFIIF, compuesto por 2 subunidades, la grande, que parece ser que es la que posee actividad helicasa, ya que parece ser que se romperá la cadena para poder iniciar la transcripción; y la pequeña que se une a la RNA polimerasa II. Llegados a este punto es cuando la polimerasa establece el contacto TFIID intecaccionará con el dominio C terminal de la polimerasa II, a la ve que parece ser que TFIIB también contacta. Hasta este punto, se ha estado preparando para transcribir, pero todavía hacen falta más factores para iniciar la transcripción. Se unirán todavía TFIIE y TFIIS, y por último TFIIH, que parece presentar 3 funciones diferentes: helicasa, quinasa, fosforilando el dominio CTD de la polimerasa, y parece estar involucrado en la reparación. Al fosforilar TFIIH el dominio CTD, se desprenderán la mayoría de los factores, y solo quedará unido el TFIIH, momento en que la polimerasa empieza a transcribir. El TFIIS es un gen que evita la terminación prematura, es un factor de elongación. En los genes sin caja TATA se requieren los mismos factores que los vistos hasta ahora, incluso TFIID. Existen teorías que afirman que TFIID puede reconocer el inicio de la transcripción, mientras que otras teorías afirman que hay algún factor que reconoce el inicio y es, a su vez, reconocido por TFIID.
